piątek, 5 stycznia 2018

LAB parodies - filmy

Mój ulubiony:


To mój ulubiony już od dawna. Ale na YT pełno świrów którzy odreagowują naukowe przeciążenie mózgu ;) Jak ktoś chce zobaczyć jak wygląda laboratorium od środka to polecam!



wtorek, 2 stycznia 2018

2017 - podsumowanie

Pierwszy raz w życiu piszę podsumowanie roku. To dla mnie, dla swojego rozwoju, swojej motywacji, trochę na pamiątkę i żeby potem porównać z 2018 ;) Jeśli kogoś to zmotywuje przy okazji albo w jakikolwiek sposób do czegoś zachęci to fajnie ;)

Styczeń 2017 - "Narodziny"

W styczniu urodził się mój drugi syn i to było najważniejsze. W sumie cały rok 2017 jest mocno związany z dziećmi z tego powodu ;) Ale przed narodzinami była ciężka praca na koniec - pracowałam do połowy stycznia, dopinałam wszystko, kończyłam badania, skończyłam kurs internetowy LC-MS Method Validation z oceną A.

Luty 2017 - "Mentor"

W lutym spotkałam na żywo mojego mentora, z którym do tamtej pory tylko mailowałam i pisałam na whatsappie. Filippo był moim mentorem "uczelnianym", z programu Golden Mentoring University of Manchester. Pomógł mi w ogarnięciu CV, listu motywacyjnego, przysłał fajne przykłady i opowiedział o swojej karierze zawodowej. Znajomość inspirująca.

Opowiadałam w Polskiej Szkole o pracy naukowca.


Marzec 2017 - "Szkoła waldorfska"

W marcu byliśmy pierwszy raz na dniu próbnym w szkole waldorfskiej i zakochałam się w tej edukacji. Pisałam o tym TU. Było za wcześnie z malutkim żeby dołączyć do grupy Parent&Child Playgroup, ale już wiedzieliśmy że to jest to. Zarezerwowaliśmy miejsce w przedszkolu dla starszego. Poza tym w marcu mocniej zaczęliśmy się wkręcać w Domowy Kościół, byliśmy na dniu wspólnoty w Derby.

Kwiecień 2017 - "Abstrakt i sąsiadki"

Napisałam abstrakt na konferencję i udzielałam się w życiu sąsiedzkim ;) Poznałam wiele fajnych mam, było dużo spotkań z dziećmi, różne playgroup(y). No i Wielkanoc. I zrobiliśmy warzywnik w wannie za domem ;) Znajomi pożyczyli nam psa, a park w kwietniu był piękny ;)




Maj 2017 - "Astra Zeneca i 30-stka"

Z pracy wysłali nas na "wycieczkę" do Astra Zeneki. Mimo że byłam na macierzyńskim, pojechałam, bo to ładnie wyglądało w unijnych rozliczeniach. Haczyk do odhaczenia. A dla mnie możliwość wyjścia do ludzi ;P Były moje 30-ste urodziny. Impreza w parku z moimi mamami-koleżankami. Bardzo miło.


Czerwiec 2017 - "Charytatywnie i wycieczkowo"

Byliśmy na wielu wyjazdach z dziećmi. Krótkich: parki, farmy, muzea, playgroup(y). Brałam udział w akcji charytatywnej dla ludzi ze spalonego wieżowca z Londynu (sprzedawaliśmy różności używane i ciasta, piekłam mufinki i szarlotkę).


Lipiec 2017 - "Polska"

Praktycznie cały miesiąc w Polsce. Najpierw konferencja EuroMar w Warszawie (oczywiście rodzina ze mną), sesja plakatowa, potem chrzest Kacpra i nasza 7 rocznica ślubu. Na koniec miesiąca wróciliśmy do pięknego warzywnika w wannie ;)



Sierpień 2017 - "Walia"

Byliśmy na wspaniałej wycieczce w Walii. I dalej dobrze się bawiłam z sąsiadkami ;)



Wrzesień 2017 - "Waldorf School"

Zaczęliśmy już uczęszczać na zajęcia do przedszkola waldorfskiego co piątek. Odwiedzili nas znajomi z Warszawy, spotkałam się z koleżanką ze studiów w Birmingham (z dziećmi rzecz jasna ;).

Październik 2017 - "Powrót"

Powrót do pracy. Na początku nieusystematyzowane godziny. Przyjęcie zobowiązań DK i start pierwszego roku formacji.

Listopad 2017 - "3"

Trzecie urodziny starszaka. I dalsza praca, kursy na edx, których niestety nie skończyłam na czas. Dwa szkolenia na uniwersytecie.

Grudzień 2017 - "Thermomix"

Tak, kupiliśmy fantastyczną maszynę ułatwiającą życie w kuchni ;) No i były międzykulturowe Święta. I kurs Estera.



Szkolenia z roku 2017:

- How to secure a fellowship - UoM
- Research data management - UoM
- LS-MS Method Validation - University of Tartu, on-line
- Kurs Estera - Szkoła Ewangelizacji Cyryl i Metody, Manchester

edx nieskończone na czas niestety...

Przeczytane książki:

- "I nigdy nie chodziłem do szkoły” André Stern
- "Wierzące dzieci - o tym jak wychowywać dzieci do dojrzałej wiary" Mariola i Piotr Wołochowiczowie
- "Grzesznicy - opowieści o miłosierdziu" Anna Wolska, Anna Czyż

Zdaje się że tylko te przeczytałam do końca, kilka zaczęłam (nie licząc dziecięcych ;).

Przypomnieć sobie ten rok pomógł mi kalendarz google, który jest teraz moim organizatorem życia i pracy.


Dziękuję Bogu za ten rok.
Dziękuję tym, którzy tu zaglądają.

Najlepszego!

piątek, 29 grudnia 2017

Pasternak czy pietruszka? Czyli parę słów o świętach w Anglii

To już nasze czwarte Święta Bożego Narodzenia w Anglii.
Lubię je, za parę rzeczy.

Lubię Christamas Party przed Świętami. Dobre jedzenie, fajna atmosfera.


Lubię Christmas Market. Nie mam zdjęć, ale w sumie wszystkie są podobne ;)

Lubię kartkową angielską tradycję - wymiana kartek świątecznych w sąsiedztwie. Potem się je zawiesza gdzieś w domu, nad drzwiami, nad kominkiem. Miłe.



I lubię pieczony pasternak ;) Tak tradycyjnie, po angielsku. Bardzo dobry, słodkawy, u nas w sumie często, nie tylko na święta. A propos pasternaku wiele osób myli go z pietruszką.


Z wyglądu podobny, ale to nie pietruszka. Korzeń pietruszki łatwo rozpoznać po zapachu, pasternak tak nie pachnie. Nie ma w Anglii korzenia pietruszki w marketach (no, chyba że w polskim sklepie). Natkę można kupić, korzenia nigdzie (oprócz polskiego sklepu) nie widziałam przez 4 lata.


Lubię też strojenie domów, wieńce na drzwiach, światełka.


Nasze Święta w tym roku z wymianą kulturową. Na Wigilię zaprosiliśmy sąsiadkę muzułmankę z dziećmi (jej mąż nie żyje). Czytaliśmy Biblię przed, była krótka modlitwa i łamaliśmy się opłatkiem - to chyba im się spodobało ;) Opowiadaliśmy o tradycjach, było 12 potraw, po kolacji (powinnam napisać wieczerzy wigilijnej) prezenty. Mój co prawda był już przed świętami, ale bardzo mi pomógł, napiszę kiedyś oddzielny wpis, bo thermomix bardzo ułatwia życie. I przygotowywanie tych 12 potraw. Także jeszcze do niego wrócę.





środa, 20 grudnia 2017

Thesis stuff - PyMOL - how to remove alternative conformation; renumbering, measuring distances with 2 decimals

I'm wondering if I should start a new blog, thesis related.. And written in English. Should I? Or can I still keep everything here? Will it be messy?

Sometimes I'm googling stuff. How to do something.. And I'm forgetting then. Or writing on paper. But better to keep it on-line, so other googlers can find it, too ;) Thanks for http://randomthesisstuff.blogspot.co.uk/ useful! Another great one - http://www.keepcalmandpublishpapers.com/

So PyMOL, alternative conformation. It makes messy some of my calculations to keep alternative conformations, so to remove it, simply type:

PyMOL>remove not (alt ''+A)
PyMOL>alter all, alt=''

But it's choosing conformation A, not that with higher occupancy!

See here - https://pymolwiki.org/index.php/Property_Selectors#Alternate_Locations

Alternatively in Phenix - Model tools - pdb tools - options - remove alternate conformers, but it gave me the same output as PyMOL, conformation A, not higher occupancy.

You can do it in Coot, but then (probably?) have to go from residue to residue (with double occupancy), I didn't find how to do it for whole structure.

Extensions - Modelling - Residues with Alt Confs... (will show you which residues have alternative conformations)

Then you can go:

Edit - Residue Info - in the first column after residue name it shows occupancy. I deleted one with lower occupancy (by delete residue/monomer).


Coming back to PyMOL.

Another thing - renumbering. When your pdb starts not from one. Example - when it starts at 51:

alter name_of_pdb, resi=str(int(resi)-50)

it will subtract 50 from all residues, so will starts at 1 instead of 51.

See here - https://pymolwiki.org/index.php?title=Alter&redirect=no#Renumber_the_amino_acids_in_a_protein.2C_so_that_it_starts_from_0_instead_of_its_offset_as_defined_in_the_structure_file

How to measure a distance?
Go to wizard->measuring

It's set to show just 1 decimal, if you want to see two, then:

set label_distance_digits, 2